De acuerdo a lo señalado por el gobierno federal de México, la Ley General de Salud es la encargada de supervisar a la Cofepris.
Sin embargo, es importante señalar que en propuesta a lo indicado en el artículo cuarto de la constitución y por el presidente, el Secretario de Salud también tiene esta función, es decir, supervisar que la Cofepris realicé todas sus tareas y funciones de manera coordinada y transparente.