Tal como se mencionó antes, la Cofepris es un órgano que se encuentra vinculado y que es supervisado por la Secretaria de Salud, este órgano autónomo tiene varias responsabilidades, tales como:
Realizar las evaluaciones correspondientes para evitar riesgos sanitarios.
Identificar los riesgos existentes para la salud humana en sitios que manejen residuos peligrosos.
Proponer políticas e instrumentos que favorezcan el manejo y control ante riesgos sanitarios.
Se encarga también de la prevención y control d los efectos nocivos de los factores ambientales en la salud de las personas.
Elabora las normas oficiales del país en donde intervienen los diferentes productos, actividades y servicios.
Vigila y supervisa que se lleven a cabo los protocolos de seguridad y salubridad.
Dictamina la sanción necesaria por el incumplimiento de las normativas.
Coordina diferentes unidades administrativas de la Secretaria de Salud.
Regula el control sanitario de las donaciones y trasplantes de órganos, tejidos y células humanas.